FC Lembeke werd opgericht in 1929, aanvankelijk nog als VK Tijl en in het Vlaamse geel-zwart. Na de 2de wereldoorlog werd gekozen voor blauw-wit als kleuren van de club, ditmaal definitief. Na enkele jaren in het Katholiek Vlaams Sportverbond sloot de club zich eind de jaren ’60 aan bij de Koninklijke Belgische Voetbalbond (KBVB). Het stamnummer van de club is 7037.

In 1973 speelde het eerste elftal kampioen en promoveerde voor de eerste maal naar 3de provinciale om evenwel het daaropvolgende seizoen opnieuw te degraderen. In het begin van de jaren ’70 werd ook een jeugdwerking opgestart. Deze had meteen veel succes.

FC Lembeke is een club met een rijke geschiedenis en tot op de dag van vandaag een belangrijke speler in het Meetjeslandse voetballandschap.